El salario base de cotización, es el salario diario integrado, con el queda registrado un trabajador ante el IMSS, y será la base para determinar el monto de las cuotas obrero patronales a cargo del patrón y, por ende la base para el cálculo de las prestaciones en dinero a que tiene derecho el trabajador o sus beneficiarios legales. 

Si un trabajador es registrado con un salario inferior al que realmente percibe, el monto de las prestaciones en dinero se ve directamente afectado, ya que el importe de los subsidios por incapacidad temporal para el trabajo, en los casos de riesgo de trabajo, de enfermedad general o de maternidad, se calcula tomando como base el salario diario reportado.
 
Igualmente, para el cálculo de las pensiones toma como base el salario reportado, requiriéndose, dependiendo del tipo de pensión de que se trate y del régimen que elija el trabajador (73 o 97) del promedio del salario de hasta 500 semanas cotizadas, lo que significa que si el trabajador estuvo registrado de manera constante con salarios inferiores a los realmente percibidos, este promedio será sensiblemente afectado de manera negativa y el monto de la pensión será muy inferior a las expectativas del trabajador.
 
Lo mismo ocurre con las aportaciones que se deben hacer a la AFORE, pues el cálculo se basa en el salario base de cotización. Esta es la razón por la que el trabajador debe vigilar permanentemente que su salario sea correctamente reportado al IMSS, pero para ello necesita conocer la manera en que se debe integrar. Por otro lado si el patrón conoce bien las partidas que deben integrar el salario de sus trabajadores, no correrá riesgos de multas y sanciones por omisión en el pago de las cuotas obrero patronales. 

De acuerdo con lo establecido en el artículo 5 A, fracción XVIII de la Ley del Seguro Social, el salario base de cotización se integra con los pagos hechos en efectivo por cuota diaria, gratificaciones, percepciones, alimentación, habitación, primas, comisiones, prestaciones en especie y cualquiera otra cantidad que se entregue al trabajador por su trabajo. Ahora bien, si el trabajador recibe sin costo para él habitación o alimentación, se estimará aumentado su salario en un 25% y si recibe ambas se incrementa en un 50%. Si la alimentación no cubre los 3 alimentos, por cada uno que reciba, se adiciona el salario en un 8.33%. 

El artículo 27 de la Ley establece que hay ciertos elementos que aunque se entregan al trabajador no integran el salario base de cotización, como son

• Los instrumentos de trabajo. 

• El ahorro cuando se integra por una parte del trabajador y otro de la     empresa con posibilidad de retiro cuando mucho dos veces al año.         

• Cantidades para fines sociales de carácter sindical. 

• Aportaciones adicionales de Retiro, Cesantía en edad avanzada y Vejez. 

• Las cuotas patronales al IMSS, INFONAVIT, y el reparto de utilidades.

• Alimentación y habitación onerosa (se entiende por onerosa cuando su importe es superior al 20% del Salario Mínimo del D. F por cada una) Despensas en especie o en dinero cuando su importe sea máximo del 40% del Salario Mínimo del DF. 

• Premios de asistencia y puntualidad si cada uno de ellos no rebasa el 10% del Salario Base de Cotización. 

• Cantidades entregadas para fines sociales (planes de pensión). 

• El tiempo extra siempre y cuando esté dentro de los límites legales establecidos por la Ley Federal del Trabajo. Conforme a lo establecido en el artículo 28 de la Ley, existe un límite superior y uno inferior para determinar al salario base de cotización. Esto significa que aunque el trabajador gane más de lo establecido en el límite superior, o menos del inferior, el patrón está obligado a pagar las cuotas obrero patronales dentro de los límites y el Instituto está obligado a pagar las prestaciones en dinero dentro de los mismos. Es importante considerar el artículo Vigésimo Quinto transitorio de la Ley publicada en el Diario Oficial de la Federación el 22 de diciembre de 1995, que establece la modificación paulatina del límite superior para el caso de los seguros de Invalidez y Vida, y de los ramos de Cesantía en edad avanzada y Vejez, pues en la Ley de 1973, estaba determinado en 10 veces el salario mínimo del D. F. y se modificó a 15 para 1997, aumentando paulatinamente en un salario cada año, hasta llegar a 25, lo que ocurrirá el 1 de julio de 2007. Esta modificación paulatina del límite superior impacta directamente la determinación del salario promedio para los casos de las pensiones Invalidez, Vida, Cesantía en edad avanzada y Vejez. El trabajador debe ser registrado al momento de su inscripción con el salario integrado que va a percibir. Para tal efecto el IMSS considera 3 tipos de salario: 

• Fijo. El que es previamente conocido 

• Variable. El que por sus características no puede ser conocido con anticipación. 

• Mixto. El que se integra por elementos fijos y variables. Una vez inscrito el trabajador, el patrón deberá reportar las modificaciones a su salario integrado conforme a los siguientes plazos de presentación: 
- Fijo: Primeros 5 días hábiles a partir de la fecha en que ocurra la modificación del salario 
- Variable: 5 primeros días hábiles del mes non siguiente (enero, marzo, mayo, julio, septiembre, noviembre) al que sirvió de base para la determinación de la modificación. 
- Mixto: El plazo depende de la parte que se modifica (FIJA O VARIABLE). Si el patrón presenta de manera extemporánea el aviso de modificación de salario y este es inferior respecto a aquel que tenía registrado con anterioridad, se toma como fecha de modificación del salario, la fecha de presentación del aviso respectivo. Si es superior al que se tenía registrado y se otorgaron prestaciones en dinero al trabajador en menor cuantía por estar mal reportado su salario, se fincarán los capitales constitutivos correspondientes. 

En caso de no haberse otorgado prestaciones en dinero solo se cobrarán las multas, recargos y actualizaciones que en su caso procedan. Para minimizar los riesgos de aplicación de capitales constitutivos, el patrón puede presentar el aviso de modificación de salario un día antes de la fecha en que surte efectos el aviso, reportando en la fecha de movimiento, la fecha real de la modificación, por lo que no implica el cobro de un día adicional de cuotas obrero patronales.